L’église fut rebâtie à l’époque romane et entièrement reprise et fortifiée au cours des XVème et XVIème. L’édifice gothique, caractéristique du gothique méridional, a toutefois conservé quelques vestiges de l’église romane qui était à trois nefs avec un petit transept. Cette église fortifiée est un des très rares sanctuaires ruraux de la région à avoir conservé des vestiges de vitraux anciens
Au Moyen-âge, la paroisse de Cruzy dépendait du diocèse de Narbonne, et son église, dédiée à Sainte-Eulalie de Mérida, relevait directement du chapitre de la cathédrale de Saint-Just. Cela explique surement l’ampleur et la qualité architecturale du monument, la présence de vitraux historiés et l’existence d’un mobilier ancien d’une réelle valeur : vierge à l’enfant en pierre polychrome du XIVème, Christ de Pitié en pierre du XVIème, lutrin en fer forgé du XVIIIème..